尽管如此，小田氏治依旧不愿放弃祖祖辈辈传承下来的小田城。

因小田氏治继承小田家家名以来，一直在领内实行仁政，轻徭薄赋，使得不少人还是愿意继续追随小田氏治的。

再加上田土部政秀、小幡中务少辅、冈见治广、柿冈式部少辅、北条治高、宍户安艺守等小田家同族重臣在逃回各自的居城后，也纷纷开始进行笼城固守，摆出一副准备与上杉家抗争到底的样子来。

上杉定虎见小田氏治如此冥顽不灵后，自知难以劝降小田家的众人，便安排水谷正村、真壁宗干、金子为广、笠间时广等西常陆诸将负责攻打谷田部城；甘糟景持、发智长芳、大关亲信等鱼沼郡将负责攻打柿冈城；长野业正、和田业繁、山吉丰守等部分上野诸将负责攻打板桥城；自己则是节制其余各部军势围攻小田家的本据小田城。

虽说小田城的守军众志成城，坚守了小田城整整三天三夜，但还是兵力寡少、力不能支，最后被上杉军攻破了大手门。

在小田城的大手门陷落后，小田家军师天羽源铁便意识到大势已去，就劝说主君小田氏治趁着上杉军尚未攻落二之丸、本丸之前逃出城去，毕竟留得青山在不愁没柴烧。

见大手门已被上杉军所夺取，三之丸、二之丸等地的陷落也只是时间问题后，小田氏治此时也不再坚持，便采纳了天羽源铁的建议，带着自己的家眷、子嗣、亲信家臣等一行人弃城逃往邻近江户崎土岐领的木原城，以躲避兵锋正盛的上杉军。

而天羽源铁则是与铃木因幡守、横山丹后守、柴播磨守、仁平对马守等守将掩护小田氏治等一行人的逃离奋战至最后一刻。

小田城被攻落后，上杉军的参阵诸将皆建议总大将上杉定虎对小田城的城下町、邻近周边的村落进行大肆杀戮，以此来警示尚未臣从的常陆诸将。

不过，上杉定虎并没有同意这个提议，反而下达了禁止在小田城周边滥妨狼藉、滥杀无辜等禁制。同时，她还不忘做出仁义之举——下令将小田军阵亡的将士进行妥善安葬。

在上杉定虎看来，若是将小田城周边都烧成一片白地，那么就算占据了有何意义？而且，过度的杀戮只会让怨气凝结，甚至还会对上杉清定的声名造成影响。

得益于上杉清定颁下的一系列禁制，各路上杉军在攻入小田领腹地后几乎没有遇到什么阻力，横曾根城、小张城、足高城、鹿岛村城、大增城、沼崎城、高崎城、苅间城、小见川城、若森城、片野城、筒户城等诸多城池兵砦是不放一矢的望风而降。

虽说田土部政秀意图坚守谷田部城，但城中守军以及协防领民却并不是与其一条心，弃甲投兵之人的可谓是络绎不绝。

这就使得水谷正村、真壁宗干、金子为广、笠间时广等将不费吹灰之力就攻落了谷田部城。而田土部政秀在城破之前，与自己的家眷一同在本丸的大广间里一一自尽。

不久后，柿冈式部少辅、北条治高等人自知无力继续坚守城池，便不约而同地于深夜之际弃城而逃，意图逃往与小田家有着姻亲之盟的江户家。

其中，北条治高在逃亡途中遭遇了落武者狩，首级以十三贯铜钱的价格卖给了上杉军。