但令宗晴康没有料到的是，上杉家的商船上并非只有商人，清定很早就注意到商船的安全，命越后、佐渡两国的水军众扮作船夫登上商船。而且，商船之中还备有铁炮、弓矢、打刀、焙烙玉等武器。

这就使得宗晴康派出的假海盗完全不能靠近上杉家的商船，反而是狼狈而逃。

毕竟这世上没有不透风的墙。本间光重还是在之后获知了是宗家派遣家中之人来袭击上杉家的商船，他随即将此事上报至清定处。

当清定在获知此事后其实也无可奈何，毕竟上杉家眼下对对马岛还是属于鞭长莫及的状态，只能一面嘱咐本间光重加强对商船的护卫；一面上书足利将军家，弹劾宗家的所作所为。

而此时的京畿诸国也不太平。

三好长庆在经历过一次刺杀后不久，京都周边的局势就已经变得微妙起来，此时却再度传出足利义藤想要刺杀他的消息。

这就使得足利义藤与三好长庆之间的关系瞬间降至冰点。

一开始，足利义藤还想着修复与三好家之间的关系，让素来敌视三好家的上野信孝等奉公众递交人质至三好家，以此来尽快平息三好长庆的怒火，避免京都再度成为战场。

可是没过多久，足利义藤却改变主意了。

在足利义藤看来，自己好歹是武家栋梁、征夷大将军，怎么能轻易向一介陪臣出身的三好家低头呢？

但足利义藤自知手中的可用之兵为数不多，并不能与三好长庆进行正面抗衡，再加上无法指望若狭武田家、六角家、朝仓家等近畿诸国的大名进行出兵勤王，便带着部分奉公众逃出了京都，前往郊外的灵山城（东山灵山城）进行笼城固守。同时，他还向身在丹波的细川晴元派出结盟使者，希望能与细川晴元联手对抗三好长庆。

细川晴元很快就接过了足利义藤递来的橄榄枝，他很快就派遣一部分兵力前往山城与足利义藤所率的军势进行合流。

足利义藤深知先发制人的重要性，也不等细川晴元的后续援军抵达，就率三好政胜（三好政生、三好宗渭，三好政长之子）、香西元成、十河盛重等己方诸将，以五千余军势的兵力向三好家控制的小泉城发起了攻击。

显然，足利义藤还是过于高估己方军势的战斗力。

要知道小泉城之中的守军仅有四百余人，加上邻近四手井城的守军的支援，也才勉强凑满六百人的规模。

等到三好长庆调集了两万五千余军势进入山城境内，足利义藤还是没能将小泉城攻落。

结果，三好长庆就毫不犹豫的将守备空虚的灵山城攻落。

因本阵陷落，足利义藤为了避免腹背受敌的不利境地，不得不主动对小泉城解围，并率军后撤至船冈山一带重整态势。

等到细川晴元率军进入山城境内，获知灵山城被三好军攻落后，以及足利义藤一方完全处于劣势，就顿时丧失了与三好长庆正面交锋的底气，立即让三好政胜、香西元成、十河盛重等将率部撤回丹波，避免被三好军全歼。

见己方军势所剩无几后，足利义藤这才开始后悔与细川晴元联手。可这世上毕竟没有卖后悔药的，他只能率残部再度逃亡近江朽木谷城。

为了避免足利义藤召集奉公众反攻山城，三好长庆在足利义藤率残部逃离山城后就当即放出话来，将会没收追随足利义藤的奉公众、公卿的领地。

如此一来，就导致原本追随足利义藤的奉公众、公卿们纷纷返回京都，甚至还有一部分奉公众顺势出仕了三好家。最后，足利义藤在抵达朽木谷城外，身边仅剩下四十余人。

原本，三好长庆还打算拥立堺公方足利义维继承足利将军家的家名，没想到自己的话竟然如此管用，也就打消了让足利义维上洛的想法。

而后，三好长庆倒是没有对足利义藤进行穷追猛打，反而是放任足利义藤逃入朽木谷城。

至此，足利将军家的直属武装力量奉公众再也无法对三好家构成任何威胁了，足利义藤本人更是无法靠武力重返京都。

在失去了绝大部分幕臣、奉公众、公卿的支持之后，足利义藤决定采用远交近攻的方式重塑足利将军家的权威，他就开始积极参与政务，调停各地大名之间的战事。