双屿虽然被明军攻破了，但是在时间上还是稍微晚了点。

明军在双屿之战中俘虏了一大帮各国海盗，有葡萄牙人、扶桑人、琉球人，还有满剌加人（马来西亚人）、爪哇人（印度尼西亚人）、暹罗人（泰国人）极黑人（非洲人）等等。

在双屿被明军攻破后，王直虽得以率残部逃至舟山列岛的马迹潭，但他并没有因此而偃旗息鼓，反而继续进行走私贸易，并积极与扶桑人、葡萄牙人相勾结。

当时，另一股海盗卢七、沈九联合一部分扶桑人，抢掠杭州钱塘。

浙江海道副使丁湛深知倭寇、海盗的火力并不弱于明军水师，贸然进击只会损失惨重，便打算采用以贼制贼的方针，传檄王直等人，若是他们能够消灭卢七等人，就允许开放私市即民间贸易。

此时的王直急于恢复元气以及避免再度遭到明军水师的讨伐，自然是积极响应了传檄，打算以讨伐为名，行兼并之实。便向大明捕献了卢七、沈九等人。

随后王直又在嘉靖三十年（1551年），在舟山岛定海附近的沥港（列港、烈港），消灭了自己的竞争对手陈思盼（盼或泮都是同一个人），夺取了陈思盻的船队与财货，并将陈思盻献给大明。

为奖励王直，丁湛将此前朱纨为防备海寇，而从福建调来的四十余只福船，竟然拨出一半送给了王直。

于是，未来的“倭寇之王”、“徽王”王直，通过与明朝政府联合打击与自己敌对的海盗和其他走私船队，逐渐确立了自己在西太平洋武装走私贸易上的绝对优势地位。

为了加强自己的武装力量，王直借着扶桑正处于战国之世，大肆招揽失去主家的浪人、食不果腹的贫民，并以这些人为骨干，王直在很短的时间内，使得自己的武装力量达到了扶桑战国时期强势大名的正规军级别。

而参与其中的明国人为躲避官府追究，做扶桑人的装束发型。这些人联合扶桑大名、武士，以扶桑为基地出发，使用扶桑的战术战法，洗劫中国东南沿海地区，其残暴与早期倭寇并无不同。这些所谓明国人，在抢掠大明沿海，烧杀抢掠的时候，并没有把自己当作明国人。

王直还将所属船队分给王滶、徐碧溪（徐惟学）、徐元亮等人管理，控制航路，进行掠夺。大明沿海地区的各卫所既不能阻止王直与外国船只通过，也不能取缔走私贸易之徒混入苏州、杭州等地。

另外，沿海之人不断有人向王直一党提供新鲜的食物与酒米，甚至提供子女。边卫官兵也有人向王直敬献红袍与玉带，把总张四维对王直拜伏叩头，甘为臣仆当手下。就这样，王直与海寇一伙同大明本土官宪、乡绅、富豪结成了串通一气的关系，沥港成了官宪半默认形式的国际走私贸易场所。

但是沥港很快就面临了新的形势，因为先前多次袭扰南直隶、浙江等地沿海的倭寇，其巢穴被认为是沥港。所以大明朝廷命都御史王忬为提督军务，巡视浙江及福建地方。王忬到浙江后，起用参将俞大猷、汤克宽、卢镗等人防御倭寇。俞大猷率领的官兵大举扫荡了沥港，当时碰巧发生飓风，王直等人这才得以逃脱。

接着王直等人在马迹潭再次受炮击败走，后逃至扶桑九州的肥前平户、五岛等地。