眼见作为先阵的两百余人在眨眼之间就被上杉军的大量铁炮连人带马打成了筛子，原本于后方跟进的南部军更是连头都不敢抬，要么匆忙寻找掩体，要么是直接往高水寺城跑。

石川高信见己方军势被上杉军完全压制，且抬不起头来而感到万分惊愕，他从未见识过如此战法。若不是身旁的石川南部家家老的金泽円松斋、栃尾靱负、靏（鹤）浪外记等人将其拉下马躲到一处破屋，他早就成了上杉军的靶子。

眼见战局不利，作为为了打破困局，金泽円松斋、栃尾靱负、靏浪外记等人倒是主动请缨，各率五十余人向上杉军的阵地发起冲击。

石川高信也不愿就此狼狈的逃回高水寺城，只要有一线扭转战局的希望，他总想去试一试，便同意了金泽円松斋、栃尾靱负、靏浪外记等人的请求。

起初，由于夜间的可见度低，且对上杉军阵地发起冲击的南部军规模较小，使得侧翼的和田业繁部在猝不及防之下被南部军的波状攻势撕开了一个口子。

很快，长野业正、太田资正、加地春纲、金津义旧、浦野重成等将就发现对己方阵地发起冲击的南部军兵力寡少，根本不足为虑。

于是，在长野业正、太田资正的命令下，上杉军的铁炮队随即集中火力，朝着善念寺不断迫近的南部军进行集火射击。

刹那之间，自金泽円松斋、栃尾靱负、靏浪外记等人以下的一百余南部军被打成了筛子，前去与相川长安作伴去了。

在获知金泽円松斋、栃尾靱负、靏浪外记等家中重臣们对上杉军阵地发起冲击失败，且全军覆没的消息后，石川高信不禁仰天长叹。他此时已然察觉，在占据绝对的兵力、装备优势的上杉军面前，自己就算使出浑身解数，也是徒劳无功的。

既然已经无力扭转战局，石川高信便不打算做任何无意义的牺牲，便趁着天还没亮，就迅速率残部退回了高水寺城之中，一心等待南部晴政派遣援军前来救援。

可以说，善念寺之战仅仅只持续了不到两个时辰，上杉军就利用大量的铁炮击毙了四百余南部军，还讨取了相川长安、金泽円松斋、栃尾靱负、靏浪外记等多名石川南部家重臣，更让高水寺城之中的南部军彻底丧失了取胜的信心。

再加上见前城的陷落，使得高水寺城与南部家之间的联系也被上杉军完全切断。

与此同时，不来方城城主福士政秀见上杉军是旗影遮天，刀光蔽日，气势如虹，军容之盛，势不可挡，根本不敢南下驰援危在旦夕的石川高信。

葛卷城城主葛卷光祐（工藤光祐）在获知岩手郡、筑波郡两郡的形势愈发糜烂，且难以靠人力来扭转后，就向主君南部晴政提出谏言：“北奥诸郡本就是疲敝困乏之地，保全自身尚且有心无力，当家为何还要去主动挑衅强敌？！即便此次击退了上杉家的侵攻，后患也是在所难免的，更何况看不到任何取胜的希望！应尽快与上杉家达成和议。”

然而，南部晴政并没有重视葛卷光祐的话，反而勒令其尽快发兵南下，与九户信仲、净法寺重政、沼宫内常利、日户秀恒、下田秀祐、福士政秀等己方诸将一同前去解围高水寺城。