于是，小笠原宗长、小笠原氏朝、小笠原朝宗、小笠原朝定兄弟四人就经过一番商议后，便以侄子小笠原氏兴之名，将前来造访的小笠原长时、小笠原信定、小笠原贞种、小笠原统虎兄弟尽数擒获，并经海路送往上杉家的本据小田原城，交由上杉清定来亲自处置。

小笠原长时是完全没有料到，自己原本还盘算着在重返信浓旧领之后，从信浓划出一块领地封赏给同族的高天神小笠原家，以及将自己的女儿嫁给高天神小笠原一族之人作为正室，算是自己让高天神小笠原一族失去继承信浓府中小笠原家的补偿。

可是，高天神小笠原家与下条家不同，从家祖小笠原长高起，就对信浓府中小笠原家有着非常深的宿怨，是很难在一朝一夕之间消除的。

在高天神小笠原一族看来，这信浓府中小笠原家的家督之位本就是属于家祖小笠原长高的。

加上，如今信浓府中小笠原家的家宝、系图皆被小笠原长隆传给了上杉清定的次男次郎丸。

可以说，小笠原长时这个前任信浓府中小笠原家家督此时已经失去了所有号令小笠原氏的大义名分、凭证。

更何况，高天神小笠原家本就作为今川家的御一家众，在今川家中的地位并不低。

在今川家被上杉家击败并降服后，前任高天神小笠原家家督小笠原春茂就非常识相的向上杉清定行见参之礼，因此得以本领安堵，甚至还被保留着今川家御一家众的身份。

上杉清定当时为了尽快稳定三河、远江、骏河等东海道诸国的局势，也乐于见到像小笠原春茂这样在今川家中影响力较大，且地位较高之人的主动降服。

尽管之后小笠原春茂在食用了未处理干净的河豚而毒发身亡，但清定依旧没有趁人之危，反而令小笠原春茂的四个弟弟去一同负责协助小笠原氏兴处理政务。

而后，为了向上杉家表面高天神小笠原家的忠义之心，小笠原宗长、小笠原氏朝、小笠原朝宗、小笠原朝定兄弟还将先前投奔高天神小笠原家的小笠原信岭、小笠原孙六郎（小笠原信岭之弟）、赤羽备前守等松尾小笠原家之人也在随后进行诱捕，并送往小田原城，省得这些人在高天神小笠原领游手好闲，打着同族的名号去招摇撞骗、为非作歹。

不过，小笠原长时的庶子小笠原贞次、小笠原贞庆，以及小笠原长时的侄子小笠原信纲等人倒是依旧获得同族三好长庆的庇护，居于京都，成为三好家的客将。

而另一方面，就在清定在将叛臣山口教继之子山口教吉、山口重俊之子山口清蔵下令于相模川西岸斩首示众后不久，便获知了高天神小笠原家已擒获了意图于信浓、远江两国煽动国人一揆的小笠原长时。

对于目前的上杉家来说，小笠原长时其实已经失去了利用价值。

但看在小笠原长时的长男小笠原长隆非常识时务的份上，清定还是决定对小笠原长时网开一面，将其幽禁于津久井城的二之丸中，由津久井郡郡司藏田正纲负责看管。

至于小笠原信定、小笠原贞种、小笠原统虎、小笠原信岭、小笠原孙六郎、赤羽备前守等人，就没有那么好的运气了，皆被清定扣上妄图煽动信浓、远江两国国人一揆的罪名，押至相模川西岸斩首示众。